Scholengroep Pontes kent een medezeggenschapsraad (GMR) die een formele positie heeft als het gaat om besluiten op het niveau van de Scholengroep. Daarnaast zijn er twee deelmedezeggenschapsraden (MR-en), een voor de locaties in Goes en een voor de locatie in Zierikzee. De MR geeft advies of instemming aan besluiten op het niveau van de school: Pieter Zeeman Lyceum, respectievelijk Het Goese Lyceum. In de medezeggenschapsraden zitten personeelsleden (de helft van de zetels) en ouders/leerlingen (de andere helft van de zetels). Invulling van de plaatsen gebeurt door verkiezingen. Ouders/verzorgers en leerlingen van het Pieter Zeeman Lyceum kunnen zich daarbij kandidaat stellen voor een plaats in de medezeggenschapsraad (MR) Zierikzee.